Школа в этом здании существует с 1954 года. До 1970 года действовала как средняя школа №1. Первый директор школы Филина З.А.     Школа №3 основана в 1970 году первоначально как восьмилетняя. За это время директорами школы были: Богданова А.А., Фёдорова К.И., Коненко В.Ф.. В 1976 году получен статус средней.     С 1995 года 24 ученика окончили школу с серебряными медалями. Золотую медаль в 2003 году получила Зуева Юлия, в 2004 году - Бойкова Анна, в 2005 году - Никифорова Ирина, в 2010 году - Цыпранюк Сергей, в 2011 году - Фешин Александр, в 2013 году - Горина Татьяна, в 2014 году - Гурьева Яна.   В 2000 году школа стала Центральной школой Медвежьегорского района, лауреат Республиканского фестиваля – конкурса «Образование – 2000», награждена дипломом Министерства Образования и по делам молодёжи РК «Школа – методический центр развития образования». В 2001 году открыта районная опытно-экспериментальная площадка «Личностно-ориентированное обучение на основе расширенного изучения математики, физики, гуманитарных дисциплин». Два года (2002, 2003 г.) в школе работал подготовительный класс ПетрГУ.